O museu está inserido no complexo fabril Santa Ana: a produção de cerâmica neste local começou há 500 anos e só parou no final do século XX. Os arquitectos que realizaram não só a reconstrução do edifício para as necessidades expositivas, mas também o desenho da exposição, consideram o seu projecto apenas mais um “passo na evolução” deste fabrico.
Da fábrica em operação sobreviveram 8 fornos, um poço, moinhos para fazer tintas, oficinas e depósitos. No decorrer dos achados arqueológicos, foi possível encontrar os restos de mais 8 fornos, dos quais os mais antigos já não eram utilizados no final do século XVI.
Os arquitectos não quiseram "declarar" nada com o seu projecto, mas apenas procuraram enquadrar-se no contexto histórico: por exemplo, o seu trabalho não se manifesta de forma alguma nas fachadas do edifício.
Ao longo dos séculos de trabalho ativo, a manufatura foi repetidamente reconstruída, renovada e ampliada, e hoje seu complexo é um mosaico caótico de fragmentos de diferentes épocas. Com a ajuda dos mais modernos métodos arqueológicos, foi possível preservar não só essa desordem, mas até a fuligem e as cinzas dos séculos passados.
A primeira camada do edifício é organizada em torno dos fornos, o que torna o espaço labiríntico; descreve o processo tradicional de fabricação de cerâmica. Os showrooms no segundo andar estão localizados ao redor do pátio. As fachadas desta parte do edifício são protegidas do sol com tubos de cerâmica produzidos localmente: esta é uma referência ao tema do museu e uma forma de destacar visualmente a camada mais recente do “palimpsesto” arquitetônico.